Invasão de Pain
Naruto (no Modo Eremita), Fukasaku, Gamaken, Gamahiro, Gamabunta e Gamakichi são invocados no centro de Konoha. Percebendo que Pain tinha destruído praticamente toda a aldeia, Naruto fica enfurecido e destroi o Gakido,uma Marionete também conhecida com 1 dos 6 caminhos de pains com um soco muito forte antes que esse pudesse atacar Tsunade. Naruto manda Tsunade fugir, instruindo-a a fazer com que nenhum morador inserviste na batalha.
O Caminho Animal de Pain invoca um número de animais para atacar Naruto, que usou a força maior que lhe foi concedida pelo Sennin Mōdo para bater de lado com seus aliados sapos. Enquanto eles lidavam com as invocações, Naruto eliminou o Caminho Preta com o Kawazu Kumite antes de preparar os frutos da sua formação senjutsu: um Rasen Shuriken aperfeiçoado. Ele lançou o ataque a demais órgãos de Pain, e expandiu-se quando ele se aproximava deles, desintegrando o Caminho Humano. Com pouco chakra por causa do ataque, Naruto criou uma armadilha para levar o Caminho Animal para dentro da boca de Gamabunta, onde Naruto foi capaz de derrotá-la com seu Senjutsu: Rasenrengan sem a interferência dos outros corpos de Pain.
Sem energia natural e, assim, saindo do Modo Eremita, Naruto teve que Fukasaku invocar um dos clones da sombra do Monte Myōboku. Como solução para a sua incapacidade de ter um fornecimento constante de energia natural, ele tinha alguns clones da sombra se reúnem para ele. Revitalizado, Naruto atacou com outro Rasen Shuriken, só para o Caminho Preta aparecer e absorver o ataque. Ele distraiu o Caminho Deva com uma cortina de fumaça, e jogou outro Rasenrengan no Caminho Naraka, derrotando-o.
Embora tivesse vencido quatro dos seis corpos de Pain, Naruto foi capturado por uma combinação de esforços do Deva e Caminhos Preta. O Caminho Preta absorveu seu chakra para ter certeza que ele não era mais uma ameaça, mas, sendo incapaz de lidar com a energia natural, o Caminho Preta se transformou em uma estátua de sapo, permitindo Naruto se libertar. O Caminho Deva capturou Naruto novamente, e matou Fukasaku quando ele tentou entrar para ajudar. Enquanto Naruto estava imobilizado, o Caminho Deva disse para Naruto de seus planos para a paz mundial. Quando Naruto discordou com seus pontos de vista, a morte de Jiraiya é ser um subproduto de que a paz, o Caminho Deva pediu Naruto para uma melhor solução.
Antes que ele pudesse responder, Hinata apareceu para ajudar Naruto. Ela confessou seu amor por Naruto (muito chocante para ele) e se envolveu em uma batalha contra Pain, onde seus esforços foram inúteis para salvá-lo. Quando ela estava aparentemente morta, Naruto ficou furioso, e explodiu em sua forma de seis caudas. Seu colar reagiu, em um esforço para acabar com a transformação, mas o Nove-Caudas destruiu rapidamente e atacou Pain. Incapaz de lidar com esta nova ameaça, o Caminho Deva se retirou para um local onde ele pudesse usar o Chibaku Tensei, atraindo e contendo Naruto. Dentro de seu subconsciente, Naruto pensou nos planos de Pain para a paz, e pediu para alguém para ajudá-lo com uma resposta. Através de seu sofrimento, a Nove-Caudas tentou atrair Naruto para que ele destruísse o selo onde a forma de oito caudas foi libertado, quebrando o Chibaku Tensei de Pain. Antes que Naruto pudesse liberar completamente no Nove-Caudas, porém, seu pai, Minato, apareceu no subconsciente de Naruto para que ele parasse.
Minato revelou que ele havia projetado o selo do Nove-Caudas para permitir uma impressão de si mesmo para aparecer, se alguma vez o selo estivesse prestes a quebrar, um mecanismo de proteção para ele visar proteger seu filho. Pegando nisto, Naruto percebeu que o Quarto Hokage foi seu pai, e ficou muito feliz por finalmente saber quem foi seu pai. Minato revelou que ele havia selado a Kyūbi em seu próprio filho porque ele pensou que Naruto iria um dia encontrar o uso para ele e, finalmente, parando o Tobi. Eles também discutiram o conceito de paz, e Minato revelou que o ódio deu lugar à dor, e que ninja deve encontrar uma maneira de acabar com o ódio. Enquanto Naruto duvidou que ele pudesse fazê-lo, Minato respondeu que ele acreditava que Naruto seria capaz de encontrar a resposta, e restaurou o selo de Nove Caudas antes de desaparecer.
Lá fora, Naruto saiu da Chibaku Tensei, com a influência do Nove-Caudas e retornou ao Modo Eremita. Ele colidiu em um tempo final com o Caminho Deva, e aproveitou o intervalo de cinco segundos entre os seus ataques para finalmente derrotá-lo com seu Rasengan e vencer a batalha. Usando receptores de chakra de Pain, Naruto procurou Nagato, a mente base dos corpos de Pain, para finalmente responder à sua pergunta anterior sobre a paz. Naruto admitiu que ele odiava Nagato, mas conteve-se o tempo suficiente para perguntar como Nagato, um aluno de Jiraiya, acabou desta forma. Depois de ouvir o passado de Nagato e seus motivos para desejar a guerra, Naruto concordou sobre alguns pontos, mas rejeitou a conclusão geral sobre a alegação de que era diferente dos ideais de Jiraiya. Para quebrar o ciclo de ódio, Naruto disse à Nagato e Konan que, apesar de odiá-los, ele não iria matá-los.
Espantado com a determinação de Naruto para a sua resposta, Nagato disse que acredita em Naruto, e usa o Gedō: Rinne Tensei no Jutsu para reviver todas as pessoas que ele tinha matado em Konoha, à custa de sua própria vida. Com isso, Naruto ajudou Konan a resgatar os corpos de Nagato e Yahiko para o enterro em Amegakure. Após a confirmação de que ela tinha deixado a Akatsuki, Konan deu um buquê de flores de papel para Naruto, simbolizando uma nova aliança.
Ele então criou um memorial para Jiraiya e deixou as flores e Dokonjō Ninden em uma pedra com o kanji para o professor
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