Exame Chūnin
Etapa 1
Etapa 2
Etapa 3
Etapa Final
Na segunda fase, o Time 7 e os outros times foram enviados para a Floresta da Morte com um pergaminho, com a tarefa de obter um segundo pergaminho de outra equipe e chegar ao centro da floresta antes da fase terminar. Logo após entrar na floresta, eles foram atacados por Orochimaru, que imobilizou Sasuke e Sakura, com a sua intenção homicida. Antes de Sasuke perder seus pergaminhos, em troca de suas vidas, Naruto interveio, lutando com Orochimaru quase liberando o chakra do Nove-Caudas. Orochimaru deixou Naruto inconsciente limitando o acesso ao chakra do Nove-caudas, mas a coragem de Naruto inspirou Sasuke a lutar em seu lugar. Depois de Orochimaru fugir e Naruto despertou, o Time 7 encontrou o Time Oboro. Depois de desperdiçar um dia preso no genjutsu do time rival, o time 7 foi capaz de derrotá-los, ter seus pergaminhos, e passar dessa ronda.
Como muitas equipes Genins tinham passado da segunda fase, uma rodada de rodadas preliminares, onde Genins se enfrentavam em combate, foram realizadas para o campo fina. Depois de assistir as primeiras rodadas, Naruto foi colocado contra Kiba Inuzuka e seu cão, Akamaru. Lembrando do talento de Naruto em seus dias na academia, Kiba acreditava que seria uma luta fácil. Ele e Akamaru se uniram contra Naruto, que inicialmente teve dificuldade no combate. Depois de combinar a técnica de transformação com seus clones da sombra para tornar Kiba e Akamaru uns contra os outros, Naruto foi capaz de remover Akamaru da competição. Quando Kiba estava prestes a derrotá-lo, Naruto peida, imobilizando Kiba e seu elevado senso de olfato e fazendo dele um alvo fácil para o Uzumaki Naruto Rendan. Naruto ganhou a partida.
Enquanto assistia as partidas restantes, Naruto testemunhou o tratamento cruel de Neji Hyūga com sua prima, Hinata. Irritado com as ações de Neji, e as alegações de que Hinata era uma falha que não poderia escapar de seu destino, Naruto prometeu derrotar Neji durante a primeira rodada da fase final um mês depois. Enquanto isso, Naruto começou a treinar com Ebisu para melhorar seu controle de chakra. Quando Ebisu foi nocauteado por Jiraiya, Jiraiya foi forçado a treinar Naruto no lugar de Ebisu. Jiraiya, notando que Naruto foi o recipiente da Kyūbi, e do selo restritivo que Orochimaru havia colocado sobre ele anteriormente, Jiraiya retirou o selo para facilitar seu controle de chakra. Ele, então, ensinou-lhe como tirar proveito do chakra da Nove-caudas, mostrando-lhe como usar a Kuchiyose no Jutsu para invocar sapos. Apesar de ter tido pouco sucesso no início, Naruto foi finalmente capaz de convocar Gamabunta pouco tempo antes da rodada final.
Quando a sua luta contra Neji começou, Naruto parecia estar em desvantagem. Embora ele tenha sido capaz de subjugar Neji com clones de sombra, nenhum dos clones conseguia atacá-lo. Convencido de que Naruto era uma falha que não podia derrotar um gênio como ele, Neji usou seu Hakke Rokujūyon Shō para cortar o fornecimento de chakra de Naruto. Determinado a provar que Naeji estava errado, Naruto usou a reserva da Kyūbi e, revitalizado, colidiu com Neji. Quando a fumaça se dissipou, Neji saiu, Naruto que parecem ter sido derrotado. Isso, no entanto, era apenas um clone de sombra, e o Naruto real saiu de baixo da terra dando um soco por baixo de Neji e derrotá-lo. Neji foi tirado, contemplando o fato de que o destino não foi determinado, uma vez que uma falha poderia vencer um gênio, enquanto Naruto seguiu as rodadas restantes. Quando Sasuke lutou com Gaara, ele tinha inveja das melhorias de Sasuke, mas a luta foi interrompida pelo início da invasão em Konoha.
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