Confinamento dos Jinchūrikis

Para manter Naruto a salvo da Akatsuki, os cinco Kages o enviaram junto com Yamato, Might Guy, Aoba Yamashiro e diversos ninjas de Konoha, para uma ilha remota no País do Relâmpago, sob a história que ele estava lá para estudar o ecologia da ilha. Após a chegada, Naruto encontrou Killer Bee e estava maravilhado com a sua maestria de seu Bijuu. Naruto solicitou o treinamento dele, mas B se recusou já que ele está em "férias". No entanto, Naruto provou ser um rapper capaz e bateu os punhos com ele, mas depois ele acidentalmente insultou B, enquanto rap. Naruto então usou seu Harem no Jutsu, a fim de persuadi-lo, mas sem resultados. Depois de ouvir que Naruto e B tinham colidido os punhos, Motoi levou Naruto à Cachoeira da Verdade, onde B começou seu treinamento para controlar o Hachibi. Motoi instruiu Naruto a sentar-se na plataforma em frente à cachoeira e fechar os olhos, e ele iria ver quem ele realmente era por dentro. Enquanto isso, Naruto foi recebido por uma outra versão de si mesmo, que repreendeu Naruto da rapidez com que as pessoas de Konoha mudou suas opiniões sobre ele.25
Tanto ele e seu Naruto interior começaram a brigar e ficaram equilibrados no nível fisico e chakra Sennin como ambos foram capazes de produzir exatamente o mesmo número de clones das sombra. Foi revelado que a batalha inteira estava acontecendo dentro de Naruto, como Yamato observou Naruto meditando ainda perto da cachoeira. De alguma forma, Naruto foi capaz de romper com a meditação, e questionou Motoi sobre a vida de B, a fim de descobrir como B foi capaz de conquistar a escuridão dentro de si. Depois de Motoi explicar a história do B e do Hachibi, ele revelou que, quando ele e B eram jovens, Motoi uma vez tentou matar B porque o seu ódio ao Hachibi por matar seu pai. Enquanto lembrava sobre como B e Gaara mudaram opiniões dos povos sobre eles, e que Naruto não estava certo se os moradores de Konoha realmente confiavam nele, Motoi foi atacado pela lula gigante. Pensando que a lula era B, Naruto gritou para ele parar. Felizmente, foi salvo por Motoi e B e Naruto ficou feliz ao ver os dois sendo capazes de retomar a sua amizade. Depois de unir forças com B, ele disse para Naruto para voltar para a cachoeira da Verdade. Confrontando o Naruto Interior, Naruto disse que ele deve ter fé em si mesmo, que começou a enfraquecer o primeiro e forçando-o a perguntar qual era o motivo de sua existência então. Naruto disse que ele era realmente ele e agradeceu a ele por empurrá-lo para ser a pessoa que ele é agora. Em seguida, ele abraçou o Naruto Interior quando ele tentou atacá-lo, que chorou e desapareceu. Após acordar e celebrar, B conduziu tanto Naruto como Yamato para uma sala especial dentro do templo secreto por trás cachoeira da Verdade, onde Naruto iria lutar contra a Kyūbi.
Dentro de seu subconsciente, depois de Naruto usar a chave para desbloquear o selo, a Kyūbi abriu as portas da gaiola e disparou uma Bijūdama em Naruto, mas B usou o pedaço restante do poder do Hachibi para conter o ataque. Enquanto no Sennin Mōdo, Naruto usou três de seus clones executando o Senpō: Chō Ōdama Rasengan sobre a Kyūbi como uma distração para ele vir de trás, jogá-lo contra o chão, e teve seus dois clones outros atacando-o de cima com o Fūton: Rasengan, causando grande dano e dando a chance de Naruto para drenar o seu chakra. No entanto, a Kyūbi plantou seu ódio dentro do seu chakra drenado, e de repente ela começou a consumir Naruto, fazendo-o perder o controle e forçá-lo fora do Sennin Mōdo. Pouco antes de Naruto ser completamente sucumbido, sua mãe, Kushina Uzumaki, apareceu. No início, Naruto acreditava que Kushina era a Kyūbi disfarçada, deixando ela com raiva e espancando Naruto na cabeça. Kushina, em seguida, pediu desculpas por seu temperamento curto, dizendo para Naruto que ela esperava que não era um traço que ele herdou dela. Percebendo isto ele descobriu que Kushina era sua mãe, e Naruto começou a chorar e a se encher de felicidade e abraçou-a com força. Com sua alegria, a influência de difundir a Kyūbi parou, para grande surpresa de Yamato e B. Naruto e Kushina conversaram, com Naruto perguntando como Kushina e Minato se conheceram. Kushina timidamente disse-lhe sua história e, depois, Naruto elogiou seu cabelo, e disse-lhe que o amava, para grande surpresa de Naruto, em seguida, deixando-o muito feliz.
Fora de seu subconsciente, quando Naruto estava mostrando B e Yamato sua nova forma, Naruto rapidamente sentiu Kisame escondido dentro de sua Samehada, detectando suas emoções negativas, o que surpreendeu Kisame. Kisame quando tentou escapar, Naruto usou sua estonteante velocidade e Kisame rapidamente chocou-se contra a parede com um soco poderoso de Naruto. No entanto, Kisame foi capaz de retirar o pé de Naruto, que ficou preso na parede, deixando Yamato para trás para ajudar a libertá-lo e colocar um curativo, enquanto B perseguiu Kisame. Naruto e Yamato, em seguida, encontraram-se com os outros enquanto eles observavam a batalha de Might Guy e Kisame à distância. Após a batalha, Kisame foi contido ninjas de Konoha e Kumo e tentou interrogá-lo, no entanto Kisame foi capaz de se suicidar e comprometeu de modo que não conseguia mais alguma informação dele. Chocado com essa ação, Naruto percebeu que até mesmo o shinobi da Akatsuki lutou por seus colegas. Quando Guy, em seguida, abriu as informações do pergaminho de Kisame tinha tentado enviar para Akatsuki, é acionado para prendê-los nas prisões de água com tubarões convocados para manter o shinobi ocupado enquanto o último tubarão tomou o pergaminho, e nadou no oceano para levar para Akatsuki.